-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathGil.py
51 lines (49 loc) · 1.44 KB
/
Gil.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
HumanCodons = {
'g':['GGC', 'GGG', 'GGA', 'GGT'],
'a':['GCC', 'GCT', 'GCA', 'GCG'],
'v':['GTG', 'GTC', 'GTT', 'GTA'],
'l':['CTG', 'CTC', 'CTT', 'TTG', 'TTA', 'CTA'],
'i':['ATC', 'ATT', 'ATA'],
'm':['ATG'],
'p':['CCC', 'CCT', 'CCA', 'CCG'],
'f':['TTC', 'TTT'],
'w':['TGG'],
's':['AGC', 'TCC', 'TCT', 'AGT', 'TCA', 'TCG'],
't':['ACC', 'ACA', 'ACT', 'ACG'],
'n':['AAC', 'AAT'],
'q':['CAG', 'CAA'],
'y':['TAC', 'TAT'],
'c':['TGC', 'TGT'],
'k':['AAG', 'AAA'],
'r':['CGG', 'AGA', 'AGG', 'CGC', 'CGA', 'CGT'],
'h':['CAC', 'CAT'],
'd':['GAC', 'GAC'],
'e':['GAG', 'GAA'],
'x':['TGA', 'TAA', 'TAG'],
}
BLongumCodons = {
'g':['GGC', 'GGT', 'GGG', 'GGA'],
'a':['GCC', 'GCG', 'GCT', 'GCA'],
'v':['GTG', 'GTC', 'GTT', 'GTA'],
'l':['CUG', 'CUC', 'TTG', 'CTT', 'CTA', 'TTA'],
'i':['ATC', 'ATT', 'ATA'],
'm':['ATG'],
'p':['CCG', 'CCC', 'CCT', 'CCA'],
'f':['TTC', 'TTT'],
'w':['TGG'],
's':['TCC', 'AGC', 'TCG', 'TCT', 'TCA', 'AGU'],
't':['ACC', 'ACG', 'ACT', 'ACA'],
'n':['AAC', 'AAT'],
'q':['CAG', 'CAA'],
'y':['TAC', 'TAT'],
'c':['TGC', 'TGT'],
'k':['AAG', 'AAA'],
'r':['CGC', 'CGG', 'CGT', 'AGG', 'CGC', 'AGA'],
'h':['CAC', 'CAT'],
'd':['GAC', 'GAT'],
'e':['GAG', 'GAA'],
'x':['TGA', 'TAA', 'TAG'],
}
def AminoSequence(record, aminos, target):
for amino in aminos.lower():
record.seq += target[amino][0]