add support for paired-ends

[JoseBlanca]

From Giuseppe D'Auria

para que funcione el bwa con paired-ends tengo que hacer eso:

indexando la secuencia de referencia

bwa index -a bwtsw sequence.fasta

alineando los dos ficheros de forward y reverse

bwa aln sequence.fasta NG-5400_Y3_read_1.fastq> reads_y3_1.sai
bwa aln sequence.fasta NG-5400_Y3_read_2.fastq> reads_y3_2.sai

mapeando los dos ficheros

bwa sampe -f aln_y3.sam sequence.fasta reads_y3_1.sai reads_y3_2.sai
NG-5400_Y3_read_1.fastq NG-5400_Y3_read_2.fastq

creando el bam

samtools view -b -S aln_y3.sam> aln_y3.bam

sorteando el bam

samtools sort aln_y3.bam aln_y3.sorted

indexando el bam

samtools index aln_y3.sorted.bam

Tendriamos que tener en el backbone_analysis una opción para que el
pipeline funcione de esta manera.