forked from dsi-bdi/biokg
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BIOKG biomedical knowledge graph
All files are gzipped and tab seperated
Links
The links folder contains the main relationships which make up the BIOKG
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# ppi.txt.gz #
################################################################################
# Descrption:
Contains protein protein interactions covering the entire range of proteins contained within the BioKG.
Per species ppi files are also available in the PPI_BY_SPECIES folder.
# Format:
<uniprot_acc> PPI <uniprot_acc>
# Sources:
Uniprot
IntAct
Reactome
################################################################################
# dpi.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains drug protein interactions
# Format:
<drugbank_id> DPI <uniprot_acc>
# Sources:
Uniprot
Drugbank
KEGG
################################################################################
# drug_protein_function.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains drug protein interactions with the predicate indicating the function
* NOTE: These relationships are also contained within the dpi.txt.gz files as generic DPI links
# Format:
<drugbank_id> DRUG_CARRIER <uniprot_acc>
<drugbank_id> DRUG_ENZYME <uniprot_acc>
<drugbank_id> DRUG_TRANSPORTER <uniprot_acc>
<drugbank_id> DRUG_TARGET <uniprot_acc>
# Sources:
Drugbank
################################################################################
# protein_pathway.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains relationshiphips between proteins and pathways
# Format:
<uniprot_acc> PROTEIN_PATHWAY_ASSOCIATION <pathway>
# Sources:
Uniprot
Drugbank
CTD
Reactome
KEGG
################################################################################
# protein_complex.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains relationshiphips between proteins and complexes
# Format:
<uniprot_acc> MEMBER_OF_COMPLEX <complex>
# Sources:
Reactome
################################################################################
# protein_disease.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains relationshiphips between proteins and diseases
# Format:
<uniprot_acc> PROTEIN_DISEASE_ASSOCIATION <mesh_id>
# Sources:
Uniprot
KEGG
CTD
################################################################################
# ddi.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains drug drug interactions
# Format:
<drugbank_id> DDI <drugbank_id>
# Sources:
Drugbank
################################################################################
# drug_disease.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains drug disease associations
# Format:
<drugbank_id> DRUG_DISEASE_ASSOCIATION <mesh_id>
# Sources:
KEGG
CTD
################################################################################
# drug_pathway.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains drug pathway associations
# Format:
<drugbank_id> DRUG_PATHWAY_ASSOCIATION <pathway>
# Sources:
Drugbank
KEGG
CTD
################################################################################
# disease_pathway.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains disease pathway associations
# Format:
<mesh_id> DISEASE_PATHWAY_ASSOCIATION <pathway>
# Sources:
KEGG
################################################################################
# complex_pathway.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains relationships between complexes and pathways
# Format:
<complex_id> MEMBER_OF_PATHWAY <pathway>
# Sources:
Reactome
################################################################################
# complex_top_level_pathway.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains relationships between complexes and their top level pathways
# Format:
<complex_id> MEMBER_OF_TOP_LEVEL_PATHWAY <pathway>
# Sources:
Reactome
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# disease_genetic_disorders.txt.gz #
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# Description:
Contains relationships between MeSH diseases and OMIM genetic disorders
# Format:
<mesh_id> DISEASE_GENETIC_DISORDER <omim_id>
# Sources:
KEGG
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# protein_genetic_disorders.txt.gz #
################################################################################
# Description:
Contains relationships between proteins and OMIM genetic disorders
# Format:
<uniprot_acc> RELATED_GENETIC_DISORDER <omim_id>
# Sources:
KEGG