04.Rmd

```{r include=FALSE, cache=FALSE}
rm(list = ls(all = TRUE))
knitr::opts_chunk$set(error = TRUE, 
               out.width = '100%', #results = 'hide',
               cache = FALSE,
               message = FALSE, warning = FALSE)

```
---
output: html_document
editor_options: 
  chunk_output_type: console
---

# R을 사용한 비구획분석 보고서 {#ncar}

## 이 장에서는 {#summary-ncar}

보고서를 일정한 형식으로 작성하여 다른 사람/기관과 공유하는 것은 중요합니다. 이를 `ncar` 패키지를 사용하여 좀더 쉽게 할 수 있습니다.
이 패키지를 통해서 약동학 파라이터를 보고서 형식의 text, pdf, rtf 파일로 저장할 수 있습니다.
이에 대해 좀더 자세히 알아보겠습니다.

`ncar`의 `DESCRIPTION` 파일을 보면 다음과 같이 설명하고 있습니다.

> `r packageDescription('ncar')$Description`


```{r}
library(tidyverse)
library(ncar)
```

## txtNCA()

우선 저장될 폴더를 확인하면 다음과 같습니다.

```{r}
getwd()
```

저장될 폴더를 변경하고자 한다면 setwd("저장될 경로") 이렇게 설정하면 됩니다.

`txtNCA()` 함수를 사용하여 한 대상자에 대한 plain text 보고서를 작성할 수 있습니다.

```{r eval = FALSE}
txtNCA(Theoph[Theoph$Subject=="1","Time"],
       Theoph[Theoph$Subject=="1","conc"], 
       dose=320, doseUnit="mg", concUnit="mg/L", timeUnit="h")
```

또한, Theoph 자료의 약동학 파라미터 분석 결과는 아래와 같이 텍스트파일로 저장할 수 있습니다.

```{r}
writeLines(txtNCA(Theoph[Theoph$Subject=="1","Time"],
                  Theoph[Theoph$Subject=="1","conc"], 
                  dose=320, doseUnit="mg", concUnit="mg/L",
                  timeUnit="h"), 
           'Output-ncar/txtNCA-Theoph.txt')
```

저장된 파일 내용은 아래와 같습니다.

```{bash, code = readLines('Output-ncar/txtNCA-Theoph.txt'), eval = FALSE}
```

한편 `txtNCA2()`를 다음과 같이 정의하면 여러 대상자에 대한 보고서를 작성 가능합니다.

```{r}
txtNCA2 <- function(dataset){
  dataset %>% 
    as_tibble() %>% 
    group_by(Subject) %>% 
    summarise(res = c(ID = glue::glue('ID={unique(Subject)}\n\n'),
                     txtNCA(Time, 
                           conc, 
                           dose=320, 
                           doseUnit="mg", 
                           concUnit="mg/L", 
                           timeUnit="h")) %>% paste(collapse = '\n')) %>%
    .$res %>%
    paste(collapse = '\n\n\n\n\n\n')
}
```

```{r}
txtNCA2(Theoph) %>% writeLines('Output-ncar/txtNCA-group-Theoph.txt')
```

저장된 파일 내용은 Appendix \@ref(theophgroup) 에서 확인 가능합니다.

<!--Indometh의 경우 Appendix \@ref(indomethgroup)-->

## pdfNCA()

pdfNCA()로 pdf로 결과를 볼 수 있습니다. (Figure \@ref(fig:pdfnca-output))

```{r pdfNCA}
ncar::pdfNCA(fileName="Output-ncar/pdfNCA-Theoph.pdf", Theoph, key="Subject", 
             colTime="Time",  colConc="conc", dose=320, doseUnit="mg", 
             timeUnit="h", concUnit="mg/L")
```

```{bash}
magick -density 150 Output-ncar/pdfNCA-Theoph.pdf Output-ncar/pdfNCA-Theoph-%02d.png
magick montage Output-ncar/pdfNCA-Theoph-01.png Output-ncar/pdfNCA-Theoph-02.png Output-ncar/montage.png
```

```{r pdfnca-output, fig.cap = 'pdfNCA() output', fig.width = 6, echo = FALSE}
#knitr::include_graphics('Output-ncar/pdfNCA-Theoph-01.png')
#knitr::include_graphics(c('Output-ncar/pdfNCA-Theoph-01.png', 'Output-ncar/pdfNCA-Theoph-02.png'))
#include_graphics('Output-ncar/pdfNCA-Theoph-02.png')
knitr::include_graphics('Output-ncar/montage.png')
```

## rtfNCA()

마이크로소프트 워드에서 편집가능한 rtf파일을 만듭니다.

```{r eval = FALSE}
ncar::rtfNCA(fileName="rtfNCA-Theoph.rtf", Theoph, key="Subject", 
             colTime="Time", colConc="conc", dose=320, doseUnit="mg", 
             timeUnit="h", concUnit="mg/L")
```