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echo " Generating 10H graph ..."
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echo " Generated 10H graph"
echo " Generating 40H graph"
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echo " Generated 40H graph"
echo " Generating 80H graph"
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echo " Generated 80H graph"
echo " Generating 95H graph"
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echo " Generated 95H graph"
echo " Generating dummy Linear graph for GraphLAigner and GraphChainer..."
./minigraph/minigraph -t32 --inv=no -cxggs CHM13Y.fa > CHM13Y_L.gfa
echo "Generated dummy graph"
echo "Generated 10H graph and 95H graph"
echo "Graph Statistics"
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gfatools stat CHM13Y_10H.gfa > CHM13Y_10H_stats.txt
seqkit stats --all CHM13Y_L.fa >> CHM13Y_L_stats.txt
seqkit stats --all CHM13Y_95H.fa >> CHM13Y_95H_stats.txt
seqkit stats --all CHM13Y_10H.fa >> CHM13Y_10H_stats.txt