packages.R

######################## LOAD R PACKAGES #######################################

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#
#' R packages needed to run any/most {targets} workflows
#
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library(targets)
library(tarchetypes)
library(tidyverse)
library(here)
library(knitr)
library(rmarkdown)
library(future)

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#
#' Additional R packages needed to run your specific workflow
#' 
#' * Delete or hash out lines of code for R packages not needed in your workflow
#' * Insert code here to load additional R packages that your workflow requires
#
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library(dplyr)
library(tidyr)
library(magrittr)
library(MASS)
library(ggplot2)
library(GGally)
library(mclust)
library(factoextra)
library(rstan)
#library(cmdstanr)
library(effects)
library(pomp)
library(moments)
library(dplR)
library(jointseg)

## Needed for internal calls in stan | targets
conflicted::conflicts_prefer(rstan::extract)
conflicted::conflicts_prefer(stats::lag)
conflicted::conflicts_prefer(purrr::map)
conflicted::conflicts_prefer(future::run)