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<li class="chapter" data-level="" data-path="prêambulo.html"><a href="prêambulo.html"><i class="fa fa-check"></i>Prêambulo</a></li>
<li class="chapter" data-level="1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html"><i class="fa fa-check"></i><b>1</b> Contextualizando</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#histórico-e-fundamentos"><i class="fa fa-check"></i><b>1.1</b> Histórico e fundamentos</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#bioinformática-filoinformática"><i class="fa fa-check"></i><b>1.2</b> Bioinformática > Filoinformática</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#passado"><i class="fa fa-check"></i><b>1.3</b> Passado</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#presente"><i class="fa fa-check"></i><b>1.4</b> Presente</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#futuro"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5</b> Futuro</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#interoperabilidade"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.1</b> Interoperabilidade</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#evolução-da-web"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.2</b> Evolução da Web</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#o-futuro-integrativo-da-sistemática"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.3</b> O futuro integrativo da Sistemática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.3.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#padrão-darwincore"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.3.1</b> Padrão DarwinCore</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#w3c"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.4</b> W3C</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#web-semântica-web-3.0"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.5</b> <em>Web</em> Semântica (Web 3.0)</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.6" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#sistemas-de-organização-do-conhecimento"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.6</b> Sistemas de Organização do Conhecimento</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#ontologias"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7</b> Ontologias</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.1" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#fundamentos-epistemológicos"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.1</b> Fundamentos epistemológicos</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.2" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#web-ontology-language"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.2</b> <em>Web Ontology Language</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.3" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#resource-description-framework"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.3</b> <em>Resource Description Framework</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.4" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#extensible-markup-language"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.4</b> <em>Extensible Markup Language</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.5" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#obo-foundry"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.5</b> OBO Foundry</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.6" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#gene-ontology"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.6</b> Gene Ontology</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.7" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#plant-ontology"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.7</b> Plant Ontology</a></li>
<li class="chapter" data-level="1.5.7.8" data-path="contextualizando.html"><a href="contextualizando.html#planteome"><i class="fa fa-check"></i><b>1.5.7.8</b> Planteome</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="2" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html"><i class="fa fa-check"></i><b>2</b> Filoinformática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="2.1" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#conceito"><i class="fa fa-check"></i><b>2.1</b> Conceito</a></li>
<li class="chapter" data-level="2.2" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#fontes-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>2.2</b> Fontes de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="2.3" data-path="filoinformática.html"><a href="filoinformática.html#perspectivas"><i class="fa fa-check"></i><b>2.3</b> Perspectivas</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="3" data-path="visão-geral-e-roteiro-do-curso.html"><a href="visão-geral-e-roteiro-do-curso.html"><i class="fa fa-check"></i><b>3</b> Visão geral e roteiro do curso</a></li>
<li class="chapter" data-level="4" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html"><i class="fa fa-check"></i><b>4</b> Técnicas moleculares</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="4.1" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#extração-do-dna"><i class="fa fa-check"></i><b>4.1</b> Extração do DNA</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.2" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#amplificação"><i class="fa fa-check"></i><b>4.2</b> Amplificação</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.3" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#eletroforese"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3</b> Eletroforese</a></li>
<li class="chapter" data-level="4.4" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#sequenciamento"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4</b> Sequenciamento</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="4.4.1" data-path="técnicas-moleculares.html"><a href="técnicas-moleculares.html#história-do-sequenciamento-didesoxi-sanger"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4.1</b> História do sequenciamento didesoxi Sanger</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="5" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>5</b> Montagem de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#cromatogramas"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1</b> Cromatogramas</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.1.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#conceito-1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.1</b> Conceito</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#finalidade"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.2</b> Finalidade</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.3" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#qualidade-do-sinal"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.3</b> Qualidade do sinal</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.4" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#arquivo-.ab1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.4</b> Arquivo .ab1</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.5" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#software-fitchtv"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.5</b> Software FitchTV</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.6" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#manual-do-sequenciamento-sanger"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.6</b> Manual do sequenciamento Sanger</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.7" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#interpretação-do-cromatograma"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.7</b> Interpretação do cromatograma</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.1.8" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#prática"><i class="fa fa-check"></i><b>5.1.8</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="5.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#alinhamento-de-contigs"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2</b> Alinhamento de <em>contigs</em></a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="5.2.1" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#assembly-softwares"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2.1</b> Assembly softwares</a></li>
<li class="chapter" data-level="5.2.2" data-path="montagem-de-sequências.html"><a href="montagem-de-sequências.html#prática-1"><i class="fa fa-check"></i><b>5.2.2</b> Prática</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="6" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><i class="fa fa-check"></i><b>6</b> Formatos de arquivo mais comuns</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="6.1" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#phylip"><i class="fa fa-check"></i><b>6.1</b> PHYLIP</a></li>
<li class="chapter" data-level="6.2" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#fasta"><i class="fa fa-check"></i><b>6.2</b> FASTA</a></li>
<li class="chapter" data-level="6.3" data-path="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html"><a href="formatos-de-arquivo-mais-comuns.html#nexus"><i class="fa fa-check"></i><b>6.3</b> NEXUS</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="7" data-path="genebank-blast.html"><a href="genebank-blast.html"><i class="fa fa-check"></i><b>7</b> GeneBank <em>Blast</em></a></li>
<li class="chapter" data-level="8" data-path="baixando-sequências-do-genebank.html"><a href="baixando-sequências-do-genebank.html"><i class="fa fa-check"></i><b>8</b> Baixando sequências do GeneBank</a></li>
<li class="chapter" data-level="9" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>9</b> Preparação dos arquivos das sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="9.1" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html#expressões-regulares"><i class="fa fa-check"></i><b>9.1</b> Expressões regulares</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="9.1.1" data-path="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html"><a href="preparação-dos-arquivos-das-sequências.html#prática-2"><i class="fa fa-check"></i><b>9.1.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="10" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>10</b> Alinhamento múltiplo e manual de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="10.1" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#prática-3"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1</b> Prática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="10.1.1" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#alinhamento-múltiplo-automático"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1.1</b> Alinhamento múltiplo (automático)</a></li>
<li class="chapter" data-level="10.1.2" data-path="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html"><a href="alinhamento-múltiplo-e-manual-de-sequências.html#alinhamento-manual"><i class="fa fa-check"></i><b>10.1.2</b> Alinhamento manual</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="11" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html"><i class="fa fa-check"></i><b>11</b> Codificando indels</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="11.1" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#sic"><i class="fa fa-check"></i><b>11.1</b> SIC</a></li>
<li class="chapter" data-level="11.2" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#mcic"><i class="fa fa-check"></i><b>11.2</b> MCIC</a></li>
<li class="chapter" data-level="11.3" data-path="codificando-indels.html"><a href="codificando-indels.html#prática-4"><i class="fa fa-check"></i><b>11.3</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="12" data-path="concatenando-matrizes.html"><a href="concatenando-matrizes.html"><i class="fa fa-check"></i><b>12</b> Concatenando matrizes</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="12.1" data-path="concatenando-matrizes.html"><a href="concatenando-matrizes.html#prática-regex-2"><i class="fa fa-check"></i><b>12.1</b> Prática: RegEx 2</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="13" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><i class="fa fa-check"></i><b>13</b> Modelos de evolução de sequências</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="13.1" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#as-6-substituições"><i class="fa fa-check"></i><b>13.1</b> As 6 substituições</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.2" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-jukescantor-jc-1969"><i class="fa fa-check"></i><b>13.2</b> Modelo Jukes/Cantor (JC) 1969</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.3" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-kimura-k80-1980"><i class="fa fa-check"></i><b>13.3</b> Modelo Kimura (K80) 1980</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.4" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-hasegawa-kishino-yano-hky-1985"><i class="fa fa-check"></i><b>13.4</b> Modelo Hasegawa-Kishino-Yano (HKY) 1985</a></li>
<li class="chapter" data-level="13.5" data-path="modelos-de-evolução-de-sequências.html"><a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html#modelo-general-time-reversible-gtr-1986"><i class="fa fa-check"></i><b>13.5</b> Modelo General Time Reversible (GTR) 1986</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><i class="fa fa-check"></i><b>14</b> Softwares para análises filogenéticas</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#ms-dos"><i class="fa fa-check"></i><b>14.1</b> MS-DOS</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.2" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#iq-tree"><i class="fa fa-check"></i><b>14.2</b> IQ-TREE</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.2.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-5"><i class="fa fa-check"></i><b>14.2.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.3" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#splitstree6"><i class="fa fa-check"></i><b>14.3</b> SplitsTree6</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.3.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-6"><i class="fa fa-check"></i><b>14.3.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.4" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#mrbayes"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4</b> MrBayes</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.4.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-1-1"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.1</b> Prática 1</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.4.2" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-2-modelo-de-substituição"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.2</b> Prática 2: Modelo de substituição</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.4.3" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-3-gerando-o-output"><i class="fa fa-check"></i><b>14.4.3</b> Prática 3: Gerando o output</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="14.5" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#softwares-para-seleção-de-modelos-evolutivos"><i class="fa fa-check"></i><b>14.5</b> Softwares para seleção de modelos evolutivos</a></li>
<li class="chapter" data-level="14.6" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#raxmlgui-2.0-jmodeltest-2"><i class="fa fa-check"></i><b>14.6</b> raxmlGUI 2.0 + jModelTest 2</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="14.6.1" data-path="softwares-para-análises-filogenéticas.html"><a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#partitionfinder"><i class="fa fa-check"></i><b>14.6.1</b> PartitionFinder</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="15" data-path="edição-final-de-árvore.html"><a href="edição-final-de-árvore.html"><i class="fa fa-check"></i><b>15</b> Edição final de árvore</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="15.1" data-path="edição-final-de-árvore.html"><a href="edição-final-de-árvore.html#prática-7"><i class="fa fa-check"></i><b>15.1</b> Prática</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="16" data-path="árvores-filogenéticas-das-plantas.html"><a href="árvores-filogenéticas-das-plantas.html"><i class="fa fa-check"></i><b>16</b> Árvores filogenéticas das plantas</a></li>
<li class="chapter" data-level="17" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html"><i class="fa fa-check"></i><b>17</b> Introdução ao R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#programação-orientada-a-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.1</b> Programação orientada a objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#principais-estruturas-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>17.2</b> Principais estruturas de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.3" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#principais-tipos-de-dados"><i class="fa fa-check"></i><b>17.3</b> Principais tipos de dados</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.4" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#classe-x-propriedade-x-atributo"><i class="fa fa-check"></i><b>17.4</b> Classe x propriedade x atributo</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.4.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#sistema-de-referência"><i class="fa fa-check"></i><b>17.4.1</b> Sistema de referência</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.5" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#linguagem-r"><i class="fa fa-check"></i><b>17.5</b> Linguagem R</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.6" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#console"><i class="fa fa-check"></i><b>17.6</b> Console</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.7" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#criando-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.7</b> Criando objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.8" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#funções"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8</b> Funções</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.8.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#sintaxe-da-função"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8.1</b> Sintaxe da função</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.8.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#funções-básicas"><i class="fa fa-check"></i><b>17.8.2</b> Funções básicas</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.9" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#pacotes"><i class="fa fa-check"></i><b>17.9</b> Pacotes</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#prática-8"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10</b> Prática</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="17.10.1" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#indexação-de-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.1</b> Indexação de objetos</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.2" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#operadores-de-lógica"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.2</b> Operadores de lógica</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.3" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#inspecionando-os-atributos-um-objeto"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.3</b> Inspecionando os atributos um objeto</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.10.4" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#teste-e-coerção-de-objetos"><i class="fa fa-check"></i><b>17.10.4</b> Teste e Coerção de objetos</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="17.11" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#rstudio"><i class="fa fa-check"></i><b>17.11</b> RStudio</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.12" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#ambiente-de-trabalho"><i class="fa fa-check"></i><b>17.12</b> Ambiente de Trabalho</a></li>
<li class="chapter" data-level="17.13" data-path="introdução-ao-r.html"><a href="introdução-ao-r.html#diretório-de-trabalho"><i class="fa fa-check"></i><b>17.13</b> Diretório de Trabalho</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html"><i class="fa fa-check"></i><b>18</b> Filogenia no R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacotes-de-filogenia"><i class="fa fa-check"></i><b>18.1</b> Pacotes de filogenia</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#escrevendo-árvores-a-partir-de-uma-cadeia-de-texto"><i class="fa fa-check"></i><b>18.2</b> Escrevendo árvores a partir de uma cadeia de texto</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-árvores-nos-formatos-s3-e-s4"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3</b> Importando árvores nos formatos S3 e S4</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.3.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#classe-phylo-s3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.1</b> Classe phylo (S3)</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#classe-phylo4-e-phylo4d-s4"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.2</b> Classe phylo4 e phylo4d (S4)</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-do-iqtree"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.3</b> Importando do IQTree</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.3.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#importando-do-mrbayes"><i class="fa fa-check"></i><b>18.3.4</b> Importando do MrBayes</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#extraindo-clados"><i class="fa fa-check"></i><b>18.4</b> Extraindo clados</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#personalizando-o-estilo-da-árvore"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5</b> Personalizando o estilo da árvore</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.1.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phylocanvas"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.2</b> Pacote phylocanvas</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.3.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.3.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.3.2</b> Terminais</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ggtree"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4</b> Pacote ggtree</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.5.4.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.5.4.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.6" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#anotando-dados-na-árvore-usando-r"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6</b> Anotando dados na árvore usando R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#ramos-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.1</b> Ramos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#terminais-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.2</b> Terminais</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.1.3</b> Nós</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.6.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.2</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.6.2.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#nós-3"><i class="fa fa-check"></i><b>18.6.2.1</b> Nós</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.7" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#plotando-matrizes-data.frames-e-árvore-ao-lado-da-árvore-usando-r"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7</b> Plotando matrizes, data.frames e árvore ao lado da árvore usando R</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-ape-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1</b> Pacote ape</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#matriz-e-data.frame"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.1</b> Matriz e data.frame</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#anéis-em-árvores-circulares"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.2</b> Anéis em árvores circulares</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.1.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#tanglegram"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.1.3</b> Tanglegram</a></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#pacote-phytools-2"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2</b> Pacote phytools</a>
<ul>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.1" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#círculos"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.1</b> Círculos</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.2" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#barras"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.2</b> Barras</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.3" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#matrizes"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.3</b> Matrizes</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.4" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#boxplots"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.4</b> Boxplots</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.5" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#tanglegram-1"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.5</b> Tanglegram</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.6" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#phylo.to.map"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.6</b> Phylo.to.map</a></li>
<li class="chapter" data-level="18.7.2.7" data-path="filogenia-no-r.html"><a href="filogenia-no-r.html#escala-estratigráfica"><i class="fa fa-check"></i><b>18.7.2.7</b> Escala estratigráfica</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul></li>
<li class="chapter" data-level="19" data-path="rmarkdown.html"><a href="rmarkdown.html"><i class="fa fa-check"></i><b>19</b> RMarkdown</a></li>
<li class="chapter" data-level="" data-path="referências.html"><a href="referências.html"><i class="fa fa-check"></i>Referências</a></li>
<li class="chapter" data-level="" data-path="turmas.html"><a href="turmas.html"><i class="fa fa-check"></i>Turmas</a></li>
</ul>
</nav>
</div>
<div class="book-body">
<div class="body-inner">
<div class="book-header" role="navigation">
<h1>
<i class="fa fa-circle-o-notch fa-spin"></i><a href="./">Introdução à Filoinformática (<em>in development</em>)</a>
</h1>
</div>
<div class="page-wrapper" tabindex="-1" role="main">
<div class="page-inner">
<section class="normal" id="section-">
<div id="softwares-para-análises-filogenéticas" class="section level1 hasAnchor" number="14">
<h1><span class="header-section-number">14</span> Softwares para análises filogenéticas<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#softwares-para-análises-filogenéticas" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h1>
<p>Desde 1980, uma série de <em>softwares</em> vem sendo desenvolvidos para rodar análises filogenéticas.</p>
<p><img src="images/phylloapps.png" /></p>
<p>Phylip</p>
<p><img src="images/phylip.jpg" /></p>
<p>Hennig86</p>
<p><img src="images/hennig86.png" /></p>
<p>NONA</p>
<p><img src="images/nona.png" /></p>
<div class="shareagain" style="min-width:300px;margin:1em auto;" data-exeternal="1">
<iframe src="https://phylobotanist.blogspot.com/2016/04/the-popularity-of-phylogenetic-programs.html" width="400" height="200" style="border:2px solid currentColor;" loading="lazy" allowfullscreen></iframe>
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</div>
<ul>
<li><a href="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html">Felsenstein/Kuhner lab</a></li>
</ul>
<p>Base atualizada com lista de programas por seções.</p>
<div class="shareagain" style="min-width:300px;margin:1em auto;" data-exeternal="1">
<iframe src="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html" width="400" height="200" style="border:2px solid currentColor;" loading="lazy" allowfullscreen></iframe>
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</div>
<div id="ms-dos" class="section level2 hasAnchor" number="14.1">
<h2><span class="header-section-number">14.1</span> MS-DOS<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#ms-dos" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li><p>Diversos programas de análises filogenéticas foram desenvolvidos para o ambiente do DOS (<em>Disk Operating System</em>).</p></li>
<li><p>O <em>prompt</em> de comando do <em>DOS shell</em> é representado por <code>C:\></code>.</p>
<ul>
<li>A letra C refere-se à unidade de disco;</li>
<li>Os dois-pontos e a contra-barra indicam o caminho do diretório-raiz da unidade C.</li>
</ul></li>
</ul>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>Seleção do driver</p>
<blockquote>
<p><code>c:</code></p>
</blockquote>
<p>Acessa um diretório a partir do diretório atual:</p>
<blockquote>
<p><code>cd [diretório]</code></p>
</blockquote>
<p>Retorna um diretório:</p>
<blockquote>
<p><code>cd..</code></p>
</blockquote>
<p>Retorna ao diretório-raiz da unidade de disco:</p>
<blockquote>
<p><code>cd/</code></p>
</blockquote>
<p>Acessa um diretório:</p>
<blockquote>
<p><code>cd/[diretório]</code></p>
</blockquote>
<p>Exibe os diretórios e arquivos locais:</p>
<blockquote>
<p><code>dir</code></p>
</blockquote>
<p>…, lado a lado:</p>
<blockquote>
<p><code>dir/w</code></p>
</blockquote>
<p>…, pausadamente:</p>
<blockquote>
<p><code>dir/p</code></p>
</blockquote>
<p>…, lado a lado, pausadamente:</p>
<blockquote>
<p><code>dir/w/p</code></p>
</blockquote>
<p>Mostra todos os arquivos com determinada extensão:</p>
<blockquote>
<p><code>dir *.[extensão]</code></p>
</blockquote>
<p>Mostra os argumentos da função <code>dir</code>:</p>
<blockquote>
<p><code>dir/?</code></p>
</blockquote>
</div>
</div>
<div id="iq-tree" class="section level2 hasAnchor" number="14.2">
<h2><span class="header-section-number">14.2</span> IQ-TREE<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#iq-tree" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li><p>O <a href="http://www.iqtree.org/">IQ-TREE</a> é um dos programas mais utilizados para condução de análises filogenéticas baseada no método da Máxima verossimilhança.</p></li>
<li><p>Veja o <a href="http://www.iqtree.org/doc/iqtree-doc.pdf">Manual</a></p></li>
<li><p>A primeira versão foi lançada em 2011. O IQ-Tree é o sucessor dos softwares IQPNNI (desde 2004) e do TREE-PUZZLE (desde 1995).</p></li>
</ul>
<p><img src="images/IqtreeContributors.png" /></p>
<div id="prática-5" class="section level3 hasAnchor" number="14.2.1">
<h3><span class="header-section-number">14.2.1</span> Prática<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-5" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<ul>
<li>Vamos testar o IQ-TREE utilizando o exemplo embutido no programa:</li>
</ul>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<ol style="list-style-type: decimal">
<li><p>Coloque os arquivo com a matriz alinhada no mesmo diretório que o programa IQ-Tree. Isso evita que se tenha de especificar o caminho do arquivo a ser lido (input).</p></li>
<li><p>Realize uma análise-teste com o exemplo do próprio programa, o arquivo <code>example.phy</code>, mas antes abra-o em um editor de texto plano (como o Bloco de Notas do Windows) para verificar seu conteúdo.</p></li>
<li><p>Em seguida, execute os comandos abaixo:</p></li>
</ol>
<p>Lista completa de funções do programa</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -h</code></p>
</blockquote>
<p>Inferir a árvore de máxima verossimilhança utilizando o melhor modelo selecionado pelo ModelFinder</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -s example.phy</code></p>
</blockquote>
<p>Executar apenas a busca pelo melhor modelo utilizando o ModelFinder</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -s example.phy -m MF</code></p>
</blockquote>
<p>Executar diferentes métodos para estimação do suporte dos ramos</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -s example.phy -alrt 10000 -bb 10000 -lbp 10000 -abayes</code></p>
</blockquote>
</div>
<p><br></p>
<p>Exemplo com dados particionados (matriz combinada)</p>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>Arquivo input</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -spp mimosa.nex</code></p>
</blockquote>
<p>Reescrever os arquivos, apagando os dados previamente gerados</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -spp mimosa.nex -redo</code></p>
</blockquote>
<p>Seleção do terminal externo</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -spp mimosa.nex -redo -o Mimosa_invisa_invisa</code></p>
</blockquote>
<p>Métricas de suporte dos ramos</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -spp mimosa.nex -redo -o invisa_invisa -allnni -alrt 10000 -bb 10000 -lbp 10000 -abayes -bnni</code></p>
</blockquote>
<p>Estabelecendo <em>constraints</em></p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -spp mimosa.nex -redo -o invisa_invisa -g mimosa.constr1</code></p>
</blockquote>
<p>Concatenar arquivos</p>
<blockquote>
<p><code>type mimosa0.nex.treefile mimosa1.nex.treefile mimosa2.nex.treefile mimosa3.nex.treefile > mimosa.treels</code></p>
</blockquote>
<p>Executar os testes de topologia</p>
<blockquote>
<p><code>iqtree -spp mimosa.nex -z mimosa.treels -o invisa_invisa -allnni -alrt 10000 -bb 10000 -abayes -lbp 10000 -bsam GENESITE -zb 10000 -au -zw</code></p>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
<div id="splitstree6" class="section level2 hasAnchor" number="14.3">
<h2><span class="header-section-number">14.3</span> SplitsTree6<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#splitstree6" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<div id="prática-6" class="section level3 hasAnchor" number="14.3.1">
<h3><span class="header-section-number">14.3.1</span> Prática<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-6" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<ul>
<li><p>O arquivo <code>.splits.nex</code> gerado pelo <code>IQ-TREE</code> pode ser carregado pelo <a href="https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/splitstree4/welcome.html">SplitsTree6</a> <a name=cite-Huson></a>(<a href="https://doi.org/10.1093/molbev/msj030">Huson and Bryant, 2005</a>), um programa com interface gráfica com usuário e simples de usar.</p></li>
<li><p>Diferentemente das árvores filogenéticas, as redes filogenéticas conseguem representar as incongruências e incertezas do conjunto total de árvores obtidas na análise filogenética, e são produzidas a partir de métodos de distância específicos. Trata-se de uma ferramenta exploratória interessante que tem sido utilizada até mesmo fora do campo da biologia comparativa.</p></li>
</ul>
</div>
</div>
<div id="mrbayes" class="section level2 hasAnchor" number="14.4">
<h2><span class="header-section-number">14.4</span> MrBayes<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#mrbayes" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<ul>
<li><p>A primeira versão do <a href="https://nbisweden.github.io/MrBayes/index.html">MrBayes</a> <a name=cite-Huelsenbeck></a>(<a href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754">Huelsenbeck and Ronquist, 2001</a>) foi lançada em 2000. Este talvez seja o mais conhecido programa de análise bayesiana para filogenias.</p></li>
<li><p>O MrBayes possui um console próprio onde são inseridas as linhas de comando.</p></li>
</ul>
<p><img src="images/MrBayes.jpg" /></p>
<ul>
<li>O ideal é manter o arquivo da matriz de dados a ser analisada no mesmo diretório do MrBayes.</li>
</ul>
<div id="prática-1-1" class="section level3 hasAnchor" number="14.4.1">
<h3><span class="header-section-number">14.4.1</span> Prática 1<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-1-1" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<ul>
<li><p>Abra o MrBayes e execute os comandos abaixo:</p>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>Sobre o programa:</p>
<blockquote>
<p><code>about</code></p>
</blockquote>
<p>Citações dos diferentes módulos do programa:</p>
<blockquote>
<p><code>citations</code></p>
</blockquote>
<p>Gera um arquivo .txt com a referência completa das funções no diretório Documents:</p>
<blockquote>
<p><code>manual</code></p>
</blockquote>
<p>Exibe as principais funções do programa:</p>
<blockquote>
<p><code>help</code></p>
</blockquote>
</div></li>
<li><p>Com a função “help” os diversos parâmetros são exibidos:</p>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>Exibe explicação e os parâmetros do modelo de verossimilhança:</p>
<blockquote>
<p><code>help lset</code></p>
</blockquote>
<p>Exibe explicação e os parâmetros a prioris do modelo filogenético:</p>
<blockquote>
<p><code>help prset</code></p>
</blockquote>
<p>Exibe explicação e os parâmetros da análise MCMC:</p>
<blockquote>
<p><code>help mcmc</code></p>
</blockquote>
<p>Exibe explicação e os parâmetros da função sump:</p>
<blockquote>
<p><code>help sump</code></p>
</blockquote>
<p>Exibe explicação e os parâmetros da função sumt:</p>
<blockquote>
<p><code>help sumt</code></p>
</blockquote>
</div></li>
<li><p>Execute uma análise filogenética utilizando o exemplo trazido pelo próprio MrBayes, o arquivo <code>primatex.nex</code>:</p>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>Carrega dados do arquivo NEXUS</p>
<blockquote>
<p><code>execute primates.nex</code></p>
</blockquote>
<p>Altera o modelo evolutivo para GTR+G+I (Variação na taxa de substituição entre sítios de nucleotídeos proporção de sítios invariáveis)</p>
<blockquote>
<p><code>lset nst 6 rates=invgamma</code></p>
</blockquote>
<p>Conferir os parâmetros do modelo</p>
<blockquote>
<p><code>showmodel</code></p>
</blockquote>
<p>Para alterar os parâmetros do modelo, use prset, indique o nome do parâmetro, insira o símbolo de igual “=”, e indique o valor</p>
<blockquote>
<p><code>prset</code></p>
</blockquote>
<p>Inicia a análise Monte Carlo via cadeias de Markov alterando alguns parâmetros</p>
<blockquote>
<p><code>mcmc ngen=20000 samplefreq=100 printfreq=100 diagnfreq=1000</code></p>
</blockquote>
<p>Resume os valores dos parâmetros usando o mesmo <em>burn-in</em> que o diagnóstico no comando “mcmc”</p>
<blockquote>
<p><code>sump</code></p>
</blockquote>
<p>Resume as árvores usando o mesmo <em>burn-in</em> que o comando mcmc</p>
<blockquote>
<p><code>sumt</code></p>
</blockquote>
</div></li>
</ul>
</div>
<div id="prática-2-modelo-de-substituição" class="section level3 hasAnchor" number="14.4.2">
<h3><span class="header-section-number">14.4.2</span> Prática 2: Modelo de substituição<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-2-modelo-de-substituição" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<ul>
<li><p>Para especificação do modelo evolutivo, use o comando <code>lset</code></p></li>
<li><p>Os parâmetros de modelo mais utilizads são:</p>
<ol style="list-style-type: decimal">
<li>número de tipos de substituição</li>
</ol>
<ul>
<li><strong>1</strong> = Jukes-Cantor</li>
<li><strong>2</strong> = HKY</li>
<li><strong>6</strong> = GTR</li>
</ul>
<ol start="2" style="list-style-type: decimal">
<li>modelo de variação de taxa entre sítios (<em>sites</em>)</li>
</ol>
<ul>
<li><strong>I</strong> = Taxas de sítios invariáveis</li>
<li><strong>G</strong> = Taxas de distribuição gama entre os sítios</li>
<li><strong>I+G</strong> = Combinação</li>
</ul></li>
<li><p>Para configurar o modelo GTR+G, use:</p></li>
</ul>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>lset nst=6 rates=gamma</p>
</div>
<ul>
<li>Para configurar o modelo GTR+G+I, use:</li>
</ul>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>lset nst=6 rates=invgamma</p>
</div>
<ul>
<li>O modelo de GTR+I+G geralmente se ajusta melhor aos dados.</li>
</ul>
<p>Fonte: <a href="http://treethinkers.org/tutorials/mrbayes">http://treethinkers.org/tutorials/mrbayes</a></p>
<ul>
<li><p>Na versão mais recente do MrBayes (3.2.2) é possível evitar ter que especificar apenas um esquema de tipos de substituição, permitindo que MrBayes se mova por diferentes esquemas como parte de sua amostragem MCMC. Este procedimento é conhecido como salto reversível MCMC (RJ-MCMC).</p></li>
<li><p>Para configurar o salto reversível, use o seguinte comando:</p></li>
</ul>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>lset nst=mixed rates=gamma</p>
</div>
<ul>
<li>O salto reversível não está configurado atualmente para diferentes modelos de variação de taxa entre sítios.</li>
</ul>
</div>
<div id="prática-3-gerando-o-output" class="section level3 hasAnchor" number="14.4.3">
<h3><span class="header-section-number">14.4.3</span> Prática 3: Gerando o output<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#prática-3-gerando-o-output" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<ul>
<li><p>Depois de executar uma análise MCMC no MrBayes, certifique-se de que as cadeias de Markov convergiram através do software Tracer.</p></li>
<li><p>Exclua as amostras influenciadas pelo ponto de partida de uma análise MCMC através de um processo conhecido como descarte do <em>burn-in</em>.</p></li>
<li><p>A remoção do <em>burn-in</em> é feita especificando um valor para o parâmetro <code>burnin</code> de <code>sump</code> e <code>sumt</code>:</p></li>
</ul>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>sump burnin=1000</p>
</div>
<p><br></p>
<div style="color: black; background: lightblue; text-align: justify; border: 5px outset lightgray; padding: 10px;">
<p>sumt burnin=1000</p>
</div>
</div>
</div>
<div id="softwares-para-seleção-de-modelos-evolutivos" class="section level2 hasAnchor" number="14.5">
<h2><span class="header-section-number">14.5</span> Softwares para seleção de modelos evolutivos<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#softwares-para-seleção-de-modelos-evolutivos" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
</div>
<div id="raxmlgui-2.0-jmodeltest-2" class="section level2 hasAnchor" number="14.6">
<h2><span class="header-section-number">14.6</span> raxmlGUI 2.0 + jModelTest 2<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#raxmlgui-2.0-jmodeltest-2" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
<p><a href="https://antonellilab.github.io/raxmlGUI/">https://antonellilab.github.io/raxmlGUI/</a></p>
<div id="partitionfinder" class="section level3 hasAnchor" number="14.6.1">
<h3><span class="header-section-number">14.6.1</span> PartitionFinder<a href="softwares-para-análises-filogenéticas.html#partitionfinder" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
<p>PartitionFinder
<img src="images/PartitionFinder.png" />
Os principais resultados são gravados no arquivo
<code>best_scheme.txt</code>.</p>
</div>
</div>
</div>
</section>
</div>
</div>
</div>
<a href="modelos-de-evolução-de-sequências.html" class="navigation navigation-prev " aria-label="Previous page"><i class="fa fa-angle-left"></i></a>
<a href="edição-final-de-árvore.html" class="navigation navigation-next " aria-label="Next page"><i class="fa fa-angle-right"></i></a>
</div>
</div>
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