readlog.h

/**
  *
  * (c) Riccardo Bertossa, 2019
  *
  *   Use at  your own risk.
  *
  *   If you modified the code, I could be happy if you contribute on github!
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**/



#ifndef READLOG_H
#define READLOG_H
#include <string>
#include "traiettoria.h"
#include <vector>

template <class TFLOAT=double>
class ReadLog
{
public:
    ReadLog(std::string filename,
            Traiettoria * t=nullptr,
            unsigned int skip=1,
            unsigned int nthreads=0,
            unsigned int nbatch=200,
            std::vector<std::string> req_headers=std::vector<std::string>()
            );
    ~ReadLog();
    TFLOAT * line(unsigned int index); //
    unsigned int n_timestep(){return data.size()/data_size;} //
    unsigned int n_data(){return data_size;}
    unsigned int timestep(unsigned int index);

    /**
     *  introduco una sintassi strana per calcolare al volo la corrente di carica dal file binario della traiettoria:
     * "#traj:JZ N q1 ... qN" --> calcola la corrente dalla traiettoria utilizzando le N cariche per gli atomi q1 ... qN
    **/
    std::pair<unsigned int,bool> get_index_of(std::string header); //
    int need_binary(std::vector<std::string> headers);
    void calc_currents(Traiettoria * t,unsigned int blocks);
private:
    Traiettoria * traiettoria;
    std::vector<std::string> headers;
    std::vector<TFLOAT > data;
    std::vector<unsigned int > timesteps;
    unsigned int skip,size,step_index,nbatch;
    size_t data_size,data_size_from_binary;
    bool if_only_numbers(std::string str);
    unsigned int natoms,nthreads;

    ///qui vengono memorizzati le stringhe delle correnti da calcolare e le cariche da utilizzare per calcolarle
    std::vector< std::pair<std::string,std::vector<TFLOAT> > > q_current_type;
    /// analizza la stringa che definisce la corrente da calcolare
    std::pair<std::string,std::vector<TFLOAT> >qs(std::string header);
    /// ritorna l'indice della corrente calcolata (da 0 a #correnti calcolate dalla traiettoria binaria)
    unsigned int get_calc_j_index(std::string header);

};

#endif // READLOG_H