termsuite-galaxy-docker

Implémentation de TermSuite pour la plateforme Galaxy

Liste des fichiers

Dans ce répertoire, on a :

• Dockerfile : fichier de configuration pour créer l’image Docker de l’outil
• README.md : ce fichier
• TermSuiteJson2Tsv.pl : script pour convertir la sortie JSON de TermSuite en liste de termes par document
• TermSuiteTsv2DocTerm.pl : script pour transformer une liste de termes en fichier "doc x terme"
• TermSuiteWrapper.sh : script shell encapsulant l’application TermSuite
• TermSuiteWrapper2.sh : variante travaillant à partir des titres et résumés présents dans un fichier de métadonnées
• termsuite_wrapper2_en.xml : fichier de configuration XML de TermSuiteWrapper2.sh pour Galaxy en anglais
• termsuite_wrapper2_fr.xml : fichier de configuration XML de TermSuiteWrapper2.sh pour Galaxy en français
• termsuite_wrapper_en.xml : fichier de configuration XML de TermSuiteWrapper.sh pour Galaxy en anglais
• termsuite_wrapper_fr.xml : fichier de configuration XML de TermSuiteWrapper.sh en français pour Galaxy
• tsv2docterm.xml : fichier de configuration XML de TermSuiteTsv2DocTerm.pl pour Galaxy (en français)

Installation de TermSuite comme outil pour Galaxy

1 - Cloner ce projet

git clone https://github.com/VisaTM/termsuite-docker-galaxy

2 - Construire l’image Docker

docker build -t visatm/termsuite-wrapper .

Si vous utilisez un proxy, ne pas oublier d’indiquer les paramètres correspondants. Par exemple, pour l’INIST, cela donne :

docker build --build-arg http_proxy="$http_proxy" \
             --build-arg https_proxy="$https_proxy" \
             --build-arg no_proxy="$no_proxy" \
             -t visatm/termsuite-wrapper .

Configuration de la plateforme Galaxy

Dans le fichier config/tool_conf.xml de Galaxy, ajouter la section suivante :

  <section id="termsuite" name="TermSuite">
    <tool file="termsuite/termsuite_wrapper.xml" />
    <tool file="termsuite/termsuite_wrapper2.xml" />
    <tool file="termsuite/tsv2docterm.xml" />
  </section>

Dans le répertoire tools de Galaxy, créer un répertoire termsuite et créer dans ce répertoire les fichiers termsuite_wrapper.xml, termsuite_wrapper2.xml et tsv2docterm.xml à partir de la version française ou anglaise des fichiers de configuration correspondants.