研究方法：ZOTU 与 OTU 和 ASV 的比较

特性	OTU（97% 聚类）	ZOTU（UNOISE3）	ASV（DADA2/Deblur）
定义方法	相似性聚类（阈值依赖）	100% 相似性，基于去噪	精确去噪，单碱基分辨率
分辨率	较低，可能合并相似物种	高，可区分单碱基差异	高，可区分单碱基差异
嵌合体处理	可能保留部分嵌合体	自动检测并移除嵌合体	自动检测并移除嵌合体
跨项目可比性	受阈值和工具影响	高，基于精确序列定义	高，基于精确序列定义
计算需求	较低	中等	较高
常用工具	VSEARCH、USEARCH、Mothur	UNOISE3（USEARCH）	DADA2、Deblur、QIIME 2
去噪方法	不去噪（基于聚类）	去噪（规则和经验方法）	去噪（统计模型）

Operational Taxonomic Units:OTUs

Amplicon Sequence Variants:ASVs, also known as Exact Sequence Variants (ESVs)

zero-radius OTUs:ZOTUs

bioinformatics pipeline

Li Z, Zhao W, Jiang Y, et al. New insights into biologic interpretation of bioinformatic pipelines for fish eDNA metabarcoding: A case study in Pearl River estuary[J]. Journal of Environmental Management, 2024, 368: 122136.

Hakimzadeh A, Abdala Asbun A, Albanese D, et al. A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses[J]. Molecular Ecology Resources, 2024, 24(5): e13847.

Build docker images

cd Docker/
docker build -t edna ./

Build database