Esse é o repositório do grupo de estudo de bioinformática ligado ao PyLadies Brasil, iremos armazenar os estudos, os modelos, outros arquivos relacionado a bioinformática. Inicialmente, estaremos utilizando a proposta da rosalind. Rosalind é um website que possui diversos problemas de Bioinformática para serem resolvidos usando programação. Os exercícios fornecem os dados de input e as instruções do que deve ser feito, o objetivo é usar a programação para retornar a resolução com output.
Objetivo do grupo: estimular mulheres que querem ingressar ou avançar na área de bioinformática, de modo a adquirir maior conhecimento sobre python e uso da informática para analisar e manipular dados biológicos.
Funcionamento do grupo:
- um exercício do site será escolhido
- cada integrante resolverá individualmente o problema com seu código em python e em sua casa.
- Após isso, as integrantes se reúnem uma vez por semana para discutir as diferentes formas de resolver um mesmo problema inicial utilizando programação: analisar diferentes métodos, bibliotecas, estruturas, etc.
Fase 1: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| A - Counting DNA Nucleotides e Transcribing DNA into RNA | String Algorithms | 10 out. 2020 |
| B - Complementing a Strand of DNA e Computing GC Content | String Algorithms | |
| C - Counting Point Mutations | Alignment | |
| D - Rabbits and Recurrence Relations | Combinatorics | |
| E - Mendel's First Law | Heredity | |
| F - Finding a Motif in DNA | String Algorithms |
Fase 2: 7 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| Overlap Graphs | Graph Algorithms | |
| Mortal Fibonacci Rabbits | Combinatorics | |
| Consensus and Profile | String Algorithms | |
| Calculating Expected Offspring | Heredity | |
| Finding a Protein Motif | Proteomics | |
| RNA Splicing | String Algorithms | |
| Calculating Protein Mass | Computacional Mass Spectrometry |
Fase 3: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| Open Reading Frames | Combinatorics | |
| Independent Alleles | Heredity | |
| Finding a Shared Motif | String Algorithms | |
| Enumerating Gene Orders | Genome Rearrangements | |
| Locating Restriction Sites | String Algorithms | |
| Inferring mRNA from Protein | Combinatorics |
Fase 4: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| Perfect Matchings and RNA Secondary Structures | Combinatorics | |
| Partial Permutations | Genome Rearrangements | |
| Completing a Tree | Phylogeny | |
| Introduction to Random Strings | Probability | |
| Genome Assembly as Shortest Superstring | Genome Assembly | |
| Finding a Spliced Motif | String Algorithms |
Fase 5: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| Transitions and Transversions | Alignment | |
| Enumerating k-mers Lexicographically | String Algorithms | |
| Longest Increasing Subsequence | Dynamic Programming | |
| Enumerating Oriented Gene Orderings | Genome Rearrangements | |
| Counting Phylogenetic Ancestors | Phylogeny | |
| Maximum Matchings and RNA Secondary Structures | String Algorithms |
Lista do time responsável pela iniciativa
 Pâmella Araújo Balcaçar |
 Thayana Tavares |
|---|
The MIT License (MIT)
Canal do Slack: #brasil-pyladies-bioinformatica