Trabajo practico para el curso de posgrado Introduccion a la secuenciacion de lecturas largas
Archivos a descargar
16S estudio de microbioma humano: Estos archivos deben ser descomprimidos antes de utilizarlos en Galaxy o Epi2me Matsuo, Y., Komiya, S., Yasumizu, Y. et al. Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION™ nanopore sequencing confers species-level resolution. BMC Microbiol 21, 35 (2021). https://doi.org/10.1186/s12866-021-02094-5
https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/fastq/DRA010/DRA010097/DRX215329/DRR225044.fastq.bz2 https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/fastq/DRA010/DRA010097/DRX215331/DRR225046.fastq.bz2 https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/fastq/DRA010/DRA010097/DRX215335/DRR225050_1.fastq.bz2 https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/fastq/DRA010/DRA010097/DRX215335/DRR225050_2.fastq.bz2
SARS-cov-19 Descargar 4 archivos de: https://github.com/genomic-medicine-sweden/gms-artic/tree/master/.github/data/fastqs
Entrar en fastq_pass; barcode07 and barcode09 y descargar los archivos fastq: https://github.com/genomic-medicine-sweden/gms-artic/tree/master/.github/data/nanopore/20200311_1427_X1_FAK72834_a3787181
Descargar el archivo Galaxy399_seqtk_sample_on_data_382_gorgojo__Subsample_of_reads.fastq
TAREAS: En Galaxy: Visualizar el contenido de los archivos y notar la estructura (descriptores, secuencia y datos de calidad) Inspeccionar los FASTQ con FastQC
Con Nanoplot, examinar varios de los archivos descargados.
Intentar ensamblar datos de nanopore con Flye
Examinar los 3 reportes HTML, los cuales coresponden a 3 experimentos nuestros, utilizando la flowcell FLONGLE.
En Epi2me, correr el programa 16S con los archivos DRR225044 y 046