CoxBoost、Enet(alpha=0.1-0.9)、Ridge(Enet(alpha=0))、Lassos(Enet(alpha=1))、GBM、plsRcox、RSF、StepCox、SuperPC、SurvivalSVM 十种算法相互结合 如StepCox(both)+Enet(alpha=0.2)、StepCox(both)+plsRcox、StepCox(backward)+plsRcox、plsRcox、Enet(alpha=0)+StepCox(forward)、Enet(alpha=0)、RSF+StepCox(both)、Enet(alpha=0)+plsRcox、RSF+StepCox(forward)、RSF+plsRcox、Enet(alpha=0.1)+superpc、Enet(alpha=0.2)+superpc、StepCox(both)+superpc、StepCox(backward)+superpc等组合,共190种详见combination.txt。 创建CoxBoost、Enet、GBM、plsRcox、RSF、StepCox、SuperPC、SurvivalSVM函数文件(xxx.R) 在mian.R中加载所有函数文件(xxx.R),通过for循环把算法结合起来,计算每种组合C-index 只需运行main.R文件即可
待改进: 函数文件(xxx.R)和mian.R的代码写得有点乱(但不影响运行),待改进 如: #main.R中的C-index计算可以创建一个函数,那样就不用在每个for下面写三到四行代码来计算,这样代码应该会简洁不少; 部分library的R包可能会用不到
2023-1-11 update 创建cindex.R,简化了代码。