debug calcoli trappole

scripts/start_scripts/calcoliTrappole.R

@@ -29,6 +29,11 @@ taxa <- data.frame(
 
 )
 
+# province <- unique(cbind("provin_sig"=comuni$provin_sig, "provin_ist"=as.numeric(comuni$provin_ist)))
+
+provinceSimp <- structure(list(provin_sig = c("CN", "TO", "VB", "AL", "AT", "VC", 
+                                          "BI", "NO"), provin_ist = c("4", "1", "103", "6", "5", "2", "96", 
+                                                                      "3")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))
 # arrotondamenti quota ---------------------------------------------------------------
 
 ## nidi ---------------------------------------------------------------
@@ -39,6 +44,8 @@ nidi$elevation <- round(nidi$elevation, 0)
 
 trap$elevation <- round(trap$elevation, 0)
 
+cat("----Arrotondamento quota completato\n")
+
 # calcolo età della birra ---------------------------------------------------------------
 # calcola l'età della birra scegliendo la data più recente tra l'ultimo controllo e la data di posizionamento della trappola
 # se non c'è nessun controllo considera la data di posizionamento
@@ -68,11 +75,15 @@ if(any(trap$etaBirra < 0)){
   stop("Ci sono trappole con età negativa")
 }
 
+cat("----Calcolo età birra completato\n")
+
 # trap attive e trap controllate ---------------------------------------------------------------
 
 trap$attiva <- is.na(trap$data.rimozione)
 trap$controllata <- is.na(trap$data.rimozione) & trap$etaBirra < (parametri$giorniXcontrollata + 1)
 
+cat("----Calcolo trap attive e controllate completato\n")
+
 # attribuzioni geografiche ---------------------------------------------------------------
 
 ## trap - settore ---------------------------------------------------------------
@@ -87,6 +98,8 @@ for(i in 1:length(tz)){
   }
 }
 
+cat("----Attribuzione settore trappole completata\n")
+
 ## trap - comune ---------------------------------------------------------------
 
 trapComune <- st_intersects(trap, comuni, sparse = F)
@@ -111,6 +124,8 @@ for(i in 1:length(tc)){
   }
 }
 
+cat("----Attribuzione comune trappole completata\n")
+
 ## nidi - comune ---------------------------------------------------------------
 
 nidiComune <- st_intersects(nidi, comuni, sparse = F)
@@ -130,6 +145,8 @@ for(i in 1:length(nc)){
   }
 }
 
+cat("----Attribuzione comune nidi completata\n")
+
 # ## nidi - provincia ---------------------------------------------------------------
 # 
 # nidiProvincia <- st_intersects(nidi, province, sparse = F)
@@ -155,6 +172,7 @@ for(i in 1:length(tp)){
   }
 }
 
+cat("----Attribuzione parco trappole completata\n")
 
 ## trap - natura2000 ---------------------------------------------------------------
 
@@ -168,6 +186,7 @@ for(i in 1:length(tzsc)){
   }
 }
 
+cat("----Attribuzione ZSC/SIC trappole completata\n")
 
 # ## trap - provincia ---------------------------------------------------------------
 # 
@@ -190,6 +209,8 @@ for(i in 1:nrow(zoneTrappolaggio)){
   zoneTrappolaggio <- st_intersection(zoneTrappolaggio, province)
 }
 
+cat("----Attribuzione provincia settori completata\n")
+
 # calcoli buffer -----------------------------------------------------------------
 # passaggio da multipoligono a poligono
 
@@ -219,6 +240,8 @@ units(buffer3$area) <- "km2"
 buffer$densita <- buffer$nTrappoleControllate/buffer$area
 buffer3$densita <- buffer3$nTrappoleControllate/buffer3$area
 
+cat("----Calcolo buffer completato\n")
+
 # calcolo distanza di ciascuna trappola dal nido più vicino ---------------------------------------------------------------
 
 nidiTrap <- st_nearest_feature(trap, nidi)
@@ -227,7 +250,7 @@ for(i in 1:nrow(trap)){
   trap$distanzaNido[i] <- st_distance(trap[i,], nidi[nidiTrap[i],])
 }
 
-
+cat("----Calcolo distanza trappole da nidi completato\n")
 
 # calcoli controlli ---------------------------------------------------------------
 # 
@@ -247,6 +270,8 @@ for(i in 1:nrow(controlli)){
 }
 controlli$intervallo <- as.numeric(controlli$Data - controlli$DataPrec)
 
+cat("----Calcolo controlli completato\n")
+
 # data media del periodo di cattura da calcolare come media tra la data di controllo e la data del controllo precedente solo inrevallo minore di 31 e se manomissione FALSE
 
 
@@ -255,6 +280,7 @@ controlli$DataMediaCattura <- as.Date(NA)
 controlli$DataMediaCattura[intervalloBreve] <- as.Date(round((as.integer(controlli$Data[intervalloBreve]) + as.integer(controlli$DataPrec[intervalloBreve]))/2), origin = "1970-01-01")
 controlli$AnnoMeseMedioCattura <- format(controlli$DataMediaCattura, "%Y-%m")
 
+cat("----Calcolo data media cattura completato\n")
 
 # controllli geografici ---------------------------------------------------------------
 # trasformazione dei controlli in oggetti geografici con la geometria della trappola