Bulk doping

When ions are doped into ice, you can specify the ion concentration (mole fraction) directly, rather than specifying locations individually.

In the following example, 5% of the water molecules in the 2x2x2 lattice of ice 1h are replaced with Na and 5% with Cl. In general, you should specify --nodep because it is generally impossible to depolarize it.

genice2 1h -r 2 2 2 -c 5%=Na -a 5%=Cl --nodep

Note: The higher the ion concentration, the more likely it is to fail to produce a hydrogen bond arrangement that satisfies the ice rule.

Bulk doping is available in the bulkdope branch of GenIce.

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氷にイオンをドーピングする時に、個別に場所を指定するのではなく、イオンの濃度(モル分率)を直接指定します。

次の例では、氷1hの2x2x2格子の水分子のうち5%をNaに、5%をClに置きかえます。一般に、イオンをドープした氷は全双極子を0にできないので、--nodepを指定する必要があります。

genice2 1h -r 2 2 2 -c 5%=Na -a 5%=Cl --nodep

注意: イオンの濃度が高くなるにつれ、ice ruleを満たすような水素結合配置を生成するのに失敗する確率が高くなります。

濃度によるドーピングはbulkdopeブランチで利用できます。